康熙皇帝在亲阅各省大员所上的奏疏时，也从中考察官员。原任偏沅巡抚韩世琦，奉命采办楠木，借口四川酉阳土产楠木合式，请令蜀省督抚办理；及其改任四川巡抚，又奏称酉阳楠木数目丈尺，因路远不便察看，请行文湖广督抚就近察看。康熙皇帝从中看出他“前后题疏，参差不合”,故令吏部严加议处，将其革职。陕西灾荒，原任甘肃巡抚布喀，擅停宁夏等处济运陕西之粮，而将西安所属长武等州县之粮私行挽运；运粮迟延之责，皆委过于西安所属官员。及其调补陕西巡抚，又请令甘肃巡抚将宁夏之粮挽运，迟慢之罪又推委他人。康熙皇帝见此人只图个人功名利禄，不顾军民乏食，贻误军机，品德恶劣，特旨拟斩监候，秋后处决。康熙皇帝亲阅刑部秋审重囚档案，发现九卿阅视档案不认真，“阅视数月，其字句错误处并未看出一二”;刑部刊此档案“先不详审，殊属不合”。此类文书，关系人命，康熙皇帝认为一字一句的错误均不能容忍，故令都察院“严加议处”。此外，凡专务逢迎、以谬言相奏、冗长浮泛之类的奏章，康熙皇帝都一一指出，有的甚至给以处分。
康熙皇帝出巡时，均作察吏之举。他执政期间曾六次南巡，多次东巡盛京、吉林，西巡宁夏、山陕，北巡塞外蒙古，还经常巡视京畿周围等。每次出巡，各有视河、谒陵、狩猎、避暑等具体目的，但以周览民情、察访吏治为经常性任务。康熙八年(1669)二月，康熙巡行近畿，发现通州知州欧阳世逢、州同李正杰，庸劣无才，副将唐文耀不娴武事，俱令革职，并追究直隶督抚不早行参奏之责。康熙二十三年(1684)十一月，康熙皇帝第一次南巡，驻江苏宿迁，发现漕运总督邵甘问题严重，将其撤职，令随旗行走。康熙二十八年(1689)康熙第二次南巡，返京第二天，据所掌握的情况，任免一批高级官吏。如令漕运总督马世济，以疾原品休致，由兵部右侍郎董讷补之。原河道总督靳辅，实心任事，劳绩昭然，因此复其原品。以杭州副都统朱山庸劣解任，等等。康熙皇帝还以亲察发现的问题教育官吏。康熙出巡时亲察的特点是察吏与察访民情、听取民间反映相结合。康熙曾深有体会地说“凡居官贤否，惟舆论不爽。果其贤也，问之于民，民自极口颂之；如其不贤，问之于民，民必含糊应之。官之贤否，于此立辨矣”,这是他多年考察官吏的经验总结。