嘉靖年间，又将于谦配享功臣庙，与开国功臣刘基等一起祭奠。
万历年间，认为“肃愍”不能彰显于谦的忠贞功德，改谥号为“忠肃”，子孙世袭。
后世对于谦多为赞誉，称颂他的清廉，正直。于谦的品格确实值得我们所有人学习，但他身死的遭遇也同样值得我们所有人思考。虽然在宪宗即位后便为于谦沉冤昭雪，但无论是谁，都会为于谦的下场感到不值和惋惜。
于谦的能力毋庸置疑，临机应变的反应也是当世罕见，能在国家危亡之际顶住层层压力，稳住百官，调兵遣将，严肃纪律，整顿军防，种种表现都能说明于谦是一个忠臣，还是一个能媲美文天祥、岳飞这样有能力挽狂澜于既倒的大忠臣。
但他对于自己的遭遇实在是认识不足。
这可能吗？
其实，于谦的能力和他的政治嗅觉，不至于让他完全没发觉身死前政敌对他的敌视，但如果于谦真的提前出手，率兵镇压徐有贞等人的政变，然后呢？朱祁钰的身体注定无论有没有朱祁镇复辟，他都活不长了，等他一死，大明的皇位怎么办？朱祁镇复辟，复立朱见浚，还是迎立外地藩王，甚至于谦成为把控大明的权臣，无论是哪种选择，都会导致一场新的腥风血雨。后世更倾向于认为于谦在最后是舍生取义，为了国家的平稳，担下责任，以一己之躯，成明朝太平。